《神秘工厂》延续了《瓢虫贝贝》第一部的系列片风格，在制作手法上更加娴熟，每集12分钟，讲述一个独立的故事。该片讲述瓢虫贝贝和小伙伴们在快乐的柳塘乐园里，为保卫柳塘乐园的幸福生活，与污染环境、生产伪略商品的神秘工厂作斗争…

瓢虫贝贝发现村里有座神秘工厂，不断生产各种假冒伪劣商品，这不但严重破坏了柳塘的生态，而且危机村民的健康。面对新危机，贝贝与伙伴们齐心协力，与黑心商人斗志斗勇，最终摧毁制造劣质商品的机器，使柳塘乐园恢复以往的美丽。