渔飞行员月岡和小林在无人岛上的石洞目击哥斯拉和一隻背面長出長刺的怪兽正在打斗。返回大阪后，二人立刻報告, 对策本部立即被成立，並查那一支长刺的怪兽叫「安基拉斯」，又是和哥斯拉一样受氢弹实验而苏醒，山根博士在沒有兵器对抗哥斯…