由于违反了宿舍规定而被逐出住所的神田空太（松冈祯丞 配音）带着自己的爱猫流落在街头，不得已，他只能够住进了人称“问题学生集中营”的老旧宿舍——樱花庄。果然，接二连三出现的怪人让空太更加确信了流言的可信度，但在相处的同时，…

故事讲述了海洋公园的15名少年偷偷地搭乘“月亮号”探险潜水艇，然后展开的探索冒险旅程，在水下探险结束返程的路上，15名少年被卷入黑洞中，后又遇到暴风雨的袭击，与另一艘海盗船发生冲突，并一同被风暴带到了一座无人的孤岛。喵星少年…