美国华盛顿特区，新一轮总统大选前两周。一桩耸人听闻的总统骚扰未成年少女的性丑闻事件，就在这切要关头被披露曝光，闹得沸沸扬扬。加上新闻媒体的大肆炒作，总统谋求连任的机会简直微乎其微。为了平息这场风波，总统紧急召见了老谋深算…

2044年的纽约，大反派朗格企图毁灭地球，大量外星人通过神秘传送门入侵。忍者神龟莱昂纳多、米开朗基罗、拉斐尔、多纳泰罗齐心协力反击敌人却败下阵来。怀抱着忍者最强武器——希望，莱昂纳多将其弟子凯西送回到过去时空，在过去时空里找…