在城户沙织以“银河战争”的开幕为开端，觉悟到自己要为将在圣域蔓延的邪恶曝光于天下而战的宿命之后，感觉到纷争气息的邪恶女神“厄里斯”在彗星“雷帕鲁斯（Repulse）”的引导下再次袭击地球，企图为大地带来流血混乱。为了粉碎她的野…

《圣斗士星矢：黄道十二宫战士》每集将有30分钟左右的时长，并将一次性播出完毕。故事内容则包含“银河战争篇”以及“白银圣斗士篇”。

极乐净土篇讲的主要是星矢等人在通过叹息之墙后，到达极乐净土的故事。极乐净土据说是只有生前心灵纯洁的人，在死后才能到达的地方。冥王哈迪斯的真身便藏在此处，雅典娜也被困于此。在极乐净土篇中星矢等人将再次创造奇迹，救出雅典娜，…

本作讲述的是距《圣斗士星矢》本篇所处年代的243年之前，上一代圣战的故事。出场人物有本篇登场的黄金圣斗士童虎和史昂、这个时代的天马座圣斗士·天马、天马的挚友·被哈迪斯选中为转生体的亚伦、雅典娜的转生·萨莎（ND里未登场） 等…

故事终于进入了传说中的“圣域十二宫篇”！！！星矢和青铜圣斗士们为了拯救女神雅典娜，直面教皇率领的黄金圣斗士们，双方演绎出一场惊世大战！

故事以18世纪的欧洲为舞台，在当时的意大利某小镇上，有着日本血统的孤儿天马和喜爱绘画的亚伦是一对挚友。某日亚伦受到大圣堂的神父的指引，去到一处被称为“地面上的极乐净土”的地方寻找“真实之红”。 另一方面，受到天秤座的黄金圣…

当世界遍布邪恶之时，必定会出现希望的斗士—圣斗士。很久以前，由数位少年来保护雅典娜女神，他们被称为“雅典娜的圣斗士”，用他们的身体作为武器，他们的拳头能划破长空，他们的腿能把大地分割开。而现在，拥有信念、勇气和力量的少年…