在这个布满运河及迷宫的美丽水都，小智、比卡超以及一班好朋友遇到拥有不可思议力量的宠物小精灵拉帝欧斯和拉帝亚斯，这对感情非常要好的兄妹一直默默地守护著水都的秘宝「心之结晶」。但是，一对怪盗姊妹看上这件秘宝并开始进行抢夺行动…

在电影开始开篇，场景好像被设置在一片大森林中。在森林内， 一声强力的呼救被一个叫Yukinari的男孩听到了。Yukinari是一个在残酷社会中比较天真的男孩，但这次经历对他来说是可能使他终身受益。当他进入森林的时候，他遇见一个叫Mik…

小智的口袋妖怪与炎帝展开了激烈的战斗，但终究是不禁K，幸亏此时为了帮助小智的喷火龙及时赶到，利用强大的火焰攻击与飞行能力不断攻击，但最终炎帝还是凭借着unknow神奇的力量打败了喷火龙，就在要解决喷火龙的一瞬，小莉终于醒悟阻止…

小智、小霞、小健及皮卡丘一行人来到了橘子群岛，在路途上遇到了暴风雨把他们吹到了亚西亚岛上，来到这里刚好村民在举行祭典，在祭典上小智从芙萝拉的口中听到一个古老的传说，“火之神、雷之神、冰之神不可以擅自触及，否则天地的愤怒将…

立志成为第一流的神奇宝贝大师，小智他们依然继续踏上旅程。这天，当小智与训练家的战斗结束之后，他们收到一封由快龙送来的神秘招待券。招待券里面写着：‘你们是最被看好、最有前途的神奇宝贝训练家，我以最强的神奇宝贝训练家的身份，…

小小精灵施展魔法，带大家进入魔幻世界。

在梦幻乐园中，两只小妖精与新朋友一起快乐游玩。和朋友们在梦境中的经历种种奇遇。