怪盗基德再度发出预告信，目标竟然是俄罗斯-罗曼诺夫王朝的皇室秘宝“记忆彩蛋”。柯南与服部联合保护“记忆彩蛋”，但把作案时间推理错误，令基德得逞，但基德于逃走中途被狙击。自此引出一连串疑问，名侦探柯南，将于大阪解开一连串事…

薄雾笼罩的京都，一起攸关日本国家安全的大事件即将发生。一艘疑似装载爆炸物的可疑船只靠近舞鹤湾。通过对船上相关数据和零部件的勘察判明，该船很大可能来自海外。此消息一出，立刻引起全日本上下的恐慌。\n就在同一天，江户川柯南、毛…

原作 庄司卓、赤石沢贵士导演 新房昭之动画制作 T-up、J.C.STAFF制作 King Records发表期间 1997年8月 – 1997年12月

在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。与沉默寡言的绫波丽（林原…

柯南等人受邀前往大阪参与电影《大怪兽哥美拉VS假面超人》的揭幕式，但制片人米仓却在库房离奇死于巨大怪兽道具的身下。众人用来系住怪兽的绳子被锋利物体划断，大阪警署认为这绝不仅是一场简单的事故......

在东京某个位于西国立市的神社内，有三名可疑的男子正在密谈。突然有个戴着假面具的黑影男人出现，他用日本刀和弓箭在瞬间将三人杀害。与此同时，在大阪、京都也相继发生了杀人事件。警方在经过调查后发现，被杀害的五人都是出没于东京、…

公元2000年8月，葛城考察队到达南极，发现了地下空洞中的巨大人形生命体Adam以及隆基努斯之枪。葛城计划进行人类基因与Adam融合的接触实验，但不幸因此唤醒了沉睡中的Adam，葛成调查队拼死使用隆基努斯之枪再度封印Adam，但结果失败，…

2000年9月13日，第二次冲击爆发。在南极大陆上发生的这起大灾难，造成地轴偏斜、海平面上升、全球气候改变，世界人口减半。2015年，不明巨型生物“使徒”在日本登陆，并向第3新东京市袭来。国联军与使徒的作战失败，作战指挥权移至NER…