风都市民因盖亚记忆体试验品而变成了掺杂体作乱，假面骑士双骑解决了这一难题。可突然间出现了一位名叫米娜的神秘女子。她对双骑充满了恨意，一心想要复仇，于是用超能力对双骑展开了猛攻。但众人听闻了米娜心中恨意的根源后，都感到十分…

士为找回失去的记忆而来到新的世界。在这个世界里，士等人来到了一座神秘房子里，在屋内他们遇到了一个称士为哥哥、并一直等待着他的少女门矢小夜。负责照顾小夜的神秘之男子月影告诉士等人，这个世界已经开始出现消亡现象，想要阻止最恶…

2018年秋天，在梦想成为王者的18岁主人公面前，时光机突然出现。从时光机中现身的神秘少女告诉他：“我是从2068年过来的。魔王降临未来世界，他让人们饱受折磨，让世界陷入绝望之中”。为了改变未来绝望的世界而来到2018年的少女还对他说…

东都、西都、北都的战争结束后，在潘多拉魔塔内建立起了新政府，各都由三位都长管理。然而这三位都长却在就职演讲上扬言要歼灭创骑，一场新的危机降临了，战兔最后的实验开始了！

在桐生战兔创造的新世界中，只有接受过人体实验的人恢复了旧世界的记忆。而某位恢复了记忆的科学家成立了覆灭组织，并突袭了政府官邸，他企图利用骑士系统来统治新世界。另外，覆灭组织利用一股不可思议的力量让冰室幻德、桐生战兔、万丈…

在桐生战兔创造的新世界中，只有接受过人体实验的人恢复了旧世界的记忆。而某位恢复了记忆的科学家成立了覆灭组织，并突袭了政府官邸，他企图利用骑士系统来统治新世界。另外，覆灭组织利用一股不可思议的力量让冰室幻德、桐生战兔、万丈…

战兔创造了新世界后，除了战兔和龙我外，所有人都失去了有关假面骑士、天空之壁等的一切记忆。然而某一天，突然从白色的潘多拉金属板中出现了一个未知的外星生命体，他利用龙我恢复了潘多拉魔盒，并企图利用魔盒的力量毁灭全宇宙，而拯救…

终于，所有手表集齐，那一刻到来了……王者的诞生，背后隐藏着巨大的阴谋。神秘的组织突然出现，他们自称为历史的管理者。身份立场的转变，跨越时间的旅行，亲密好友的背叛……庄吾、盖茨、月读、沃兹该何去何从？而他们的所作所为，与未…